1974年神奈川県生まれ。東京を拠点に活動。

2000年東京藝術大学大学院美術研究科建築科修士課程修了。
妹島和世建築設計事務所勤務を経て、2004年石上純也建築設計事務所設立。2007年の東京都現代美術館での「SPACE FOR YOUR FUTURE」展で金属でできた重さ１トンのボリュームが宙にただよう《 四角いふうせん 》を展示し注目を集める。2008年第１１回ヴェネツィア・ビエンナーレ国際建築展日本館にて個展。2009年「神奈川工科大学KAIT工房」で日本建築学会賞作品賞受賞。
2010年第12回ヴェネツィア・ビエンナーレ国際建築展で金獅子賞を受賞。2010年資生堂ギャラリーおよび豊田市美術館で個展を開催。大胆なアイディアに基づく空間と構造物を作り建築の可能性を拡げる、今、国内外で最も期待され、注目されている建築家である。